學者暫時對柬埔寨早期的歷史尚未有確切及統一的說法。考古學家在柬埔寨南部海岸曾發掘出一些洞穴及文物，透過碳十四鑑定法他們推算早於公元前4000至6000年柬埔寨已經有人定居，可以說是該區最早的考古證據。
在公元三世紀中期，當時的扶南國王遣使至中國，以尋求中國的協助。當時中國正值三國時代，使節獲得吳國孫權接見。有歷史學家認為當時柬埔寨一帶可能未有統一的國家，而是由不同部落或群雄所割據，而扶南只是其中一股勢力，但是扶南出使中國這一外交活動卻使該國在中國史冊內留下了記錄。
緊接扶南出現的是真臘王國。歷史學家同樣不太清楚真臘的歷史。其中一個說法是真臘本是扶南轄下的一個屬國，在扶南衰落後便由真臘取替。真臘在公元7世紀曾分裂為陸真臘和水真臘，其中水真臘便佔據著今天的柬埔寨地域。
在公元802年，闍耶跋摩二世(Jayavarman II，”-varman”意指國王)登位，標誌著高棉王朝開始。有學著認為他可能是來自今天的爪哇島，不過暫時沒有確實的考古證據支持這一說法，但可以確定的是︰闍耶跋摩二世統一了柬埔寨境內不同的部族/首領，並建立一個統一政權。當時他建都於磅湛市(湄公河下游)。他的登位亦同時標誌著柬埔寨皇室的開始，日後所有柬埔寨國王的血源都可追溯至此，若由闍耶跋摩二世算起，柬埔寨皇室擁有超過1200年的歷史。
闍耶跋摩二世戰功彪炳，在他帶領下高棉征服了週邊大片領土，奠下了高棉帝國的基石。他死後由兒子闍耶跋摩三世繼位，其後則由因陀羅跋摩一世(Indravarman I)登位，他將首都遷至今天的羅洛斯(Rolous，位於暹粒外圍)，今天所見的神牛寺(Preah Ko)及巴孔寺(Bakong)便是由他所建，而羅蕾寺[Lolei]則是由他的繼任人所建。
接任因陀羅跋摩一世的是耶輸跋摩一世(Yasovarman I)，他遷都至今天的吳哥城(Ankgor Thom)，並建立巴肯寺(Bakheng)。該座建於山上的寺廟是模彷須彌山(Meru)──亦即印度傳說中的宇宙中心──所建，自此吳哥城亦成為發展的重心。
遷都至吳哥城後，繼任的國王們都大力地在吳哥城及週邊區域建設更多建築，歷年的建設令吳哥城在巔峰時比羅馬城還要大。當中以蘇利耶跋摩二世(Suryavarman II)及闍耶跋摩七世(Jayavarman VII)兩位國王留下最宏偉的建築。前者在十二世紀建成吳哥寺(Angkor Wat，有說該寺是他的墓地)，後者則於在位時(十二至十三世紀)興建塔普倫寺(Ta Prohm)、寶劍寺(Preah Khan)、巴戎寺(Bayon)等，而日後聞名於世的「高棉的微笑」(位於巴戎寺內)也是源自於他。在他統治下高棉王朝國勢攀上頂峰，領土一度包括老撾、泰國、柬埔寨及越南等地。除了武功彪炳外，闍耶跋摩七世亦改信大乘佛教，同時在國內設立醫院，為老弱傷者提供治療。今天柬埔寨內一些醫院或學校都以闍耶跋摩七世來命名，或以他作為精神領袖。
十三世紀時，元朝曾派遺大臣周達觀出使吳哥，他在吳哥逗留一年多，見識了這東南亞帝國迥異的文化風情，然後寫下《真臘風土記》，成為柬埔寨最重要的一篇歷史記載。順帶一提，柬埔寨在唐代文獻出現時是根據Khmer的讀音譯成「吉蔑」，然後到了元、明以後，中國文獻才開始以Camboja來譯，稱為「甘孛智」，到萬曆年後才使用「柬埔寨」這名稱，並沿用至今。
高棉王國在巔峰時領土覆蓋泰國、老撾及越南
「羅馬城不是一天建成的。」高棉帝國從立國到強盛共花了四百多年時間，但是從繁華走向衰亡卻只消二百年。由於欠缺可靠的文字記載，沒有人知道高棉帝國滅亡的準確原因，但專家猜測長期的大興土木令國庫空虛、大量的開發破壞了當地脆弱的自然環境(有學者甚至猜測厄爾尼諾現象令當地氣候劇變)、瘧疾肆虐令人口大減、週邊國家崛起等都應該是吳哥滅亡的原因(基本上Jared Diamond在《大崩壞》一書中所羅列的崩壞條件柬埔寨也有)。其中最致命的一擊來自西面的暹羅(即今天的泰國)，它在1432年發動突襲，攻陷及摧毀吳哥城，自此高棉便遷都至東南方的金邊，以圖拉開與暹羅的距離，而這一年也標誌著柬埔寨黑暗時代的開始。
從15至18世紀，高棉經常受到暹羅及越南的進犯。在16世紀，高棉曾擊敗暹羅一次大規模的入侵，當時國王為了紀念這場勝利，將吳哥城改名為暹粒(Siem Reap)，意思解作「暹羅之敗」，這地名便一直延用至今。但整體如言，國勢大不如前的高棉已沒法抵擋兩國的襲擊。領土亦大為縮小，苟延殘喘的高棉基本上已輪流成為暹、越兩國的附庸國，歷任不少國王及皇室成員亦曾被「安置」於暹、越領土內作為人質。
在十九世紀初，柬埔寨正處於分裂的局面，當時西部主要由暹羅所控制，東部則由越南所掌管。暹羅兩國曾為了該片土地多次發生戰爭，而被別人佔領兼成為戰場的柬埔寨自然成為最大輸家。在經歷1941至1945年的一場暹越大戰後，雙方同意和解及共同管治柬埔寨，而當時的柬埔寨國王Ang Duong同意成為兩國的附庸國，但對於Ang Duong來說，這份順從只是權宜之計，他一直都在等候一個機會擺脫暹、越的管治。十九世紀末正值歐美殖民浪潮的高峰期，Ang Duong於是看中了法國，希望利用法國在東南亞的勢力來達到獨立的目的，可惜他在有機會實踐自己的計劃前去世，他的心願便由他兒子Norodom I來實現。
Norodom I成長於曼谷，在父親逝世後他繼位為國王。Norodom I登位後便和法國磋商，最後於1863年和法國簽訂協議成為它的保護國，藉以換取法國的軍事保護。當時越南已是法國的殖民地，而老撾則是法國的保護國，故法國若將柬埔寨納入保護範圍，這亦符合它的戰略利益，所以法國欣然同意；另一邊廂暹羅則懾於法國的軍事力量，最終也放棄了柬埔寨的領土，並將包括暹粒在內的一片領土割讓給柬埔寨。Norodom I這一著建立了現代意義上的柬埔寨，雖然主權仍由法國所操控，但已朝獨立之路邁進了一步。
在二戰末期，日本曾一度佔領柬埔寨，但隨著二戰結束，柬埔寨再度回到法國手上。不過時移世易，二戰過後的柬埔寨和其他東亞國家一樣，民族主義開始抬頭，加上二戰過後法國元氣及聲望均嚴重受挫，令它再無力掌控東南亞一帶。
1941年，年僅18歲的西哈努克(Norodom Sihanouk)即位。在二戰結束後，西哈努克以22歲之齡擔任首相，並一直策劃獨立運動。隨著法國在東南亞勢力日趨減弱，西哈努克最終在1953年成功爭取獨立。他其後宣佈讓位給他父親，然後投身政壇，並在1955年的大選中獲勝及出任首相。西哈努克國王透過修憲使他成為全國的最高領導人，並且沒有任期限制，自此柬埔寨就在他的管治下渡過了較為平穩的十年。
1963年末，美國推翻自己支持的南越政府，這次兵變令西哈努克國王大感愕然︰對他來說，作為盟友的南越政府竟也遭到美國拋棄，那麼本來就不親美的他，地位更是岌岌可危，自此柬美兩國關係漸趨緊張。與此同時，1960年代正值越戰時期，當時西哈努克曾公開地表示既不支持共產北越、亦不支持美國和南越，但是西哈努克預測北越最終將統一越南，故暗地裏縱容北越利用柬埔寨境內通道，運送物資和士兵到前線。他希望藉此來交換北越統一越南後不會侵吞柬埔寨領土。有關造法雖然沒有明確証據，但美國自然對北越屢次使用柬埔寨作為通道的做法深感不滿，故此美國曾多次轟炸柬埔寨領土，軍事上的摩擦使兩國關係陷入谷底。
在國內方面，西哈努克大力擴充教育事業，其中專上教育更獲得大規模擴充，但這衍生了大專生供過於求的問題︰以往大專生畢業後多進入政府機構，但已經臃腫不堪的政府再無力消化急增的大學生。此外，西哈努克在經濟方面採取計劃經濟的模式，結果令不少產業受到不必要的限制，國家經濟因此停濟不前，這些因素都令西哈努克及其陣營在1966年的全國大選中落敗。新政府由沒有參選、立場親美的龍諾(Lon Nol)擔任首相。他上任後廢除不少西哈努克的政策，此舉自然令西哈努克一派大為不滿，由於西哈努克仍然是最高領導人，西哈努克和龍諾的對立日趨白熱化。
1970年，龍諾趁著西哈努克外訪期間推翻他的政權，外界有猜測這次叛變是由美國策動，但沒有確實証據顯示美國有插手其中。不過叛變後美國迅速承認新上台的龍諾政府。被推翻的西哈努克勢力撤出至鄉鎮地帶(農民一直都是西哈努克的主要支持者)，身在海外的西哈努克亦號召支持者支持赤柬，力圖並以武裝力量抗衡龍諾的政府軍。結果柬埔寨又陷入內戰旋渦中。隨著戰況逞現膠著狀態，支持西哈努克的勢力漸漸被赤柬邊緣化，最終赤柬成為戰事中的主要力量。
儘管政府軍多次擋下赤柬的圍城攻勢，但在1975年政府軍最終失守，赤柬佔領首都金邊，正式開始舉世震驚的赤柬統治。赤柬首領波爾布特(Pol Pot)宣佈1975年為零年(Year zero)，並表示要摒棄所有歷史和舊有傳統，透過勞動教育來打造一個全新的高棉民族。他又主張廢除貨幣及西方教育，禁止學習外語及西方知識，並以建設無產階級社會為最終目標。赤柬進入金邊城後，士兵大規模地驅趕居民離開金邊，藉口是要逃避美國對城市的空襲，士兵們更謊稱市民只需要離開數天，故不容許市民帶走大量財產，但最終所有人都被迫長期定居於鄉村。他們每天都要進行艱苦的體力勞動，但只換來不足糊口的糧食，結果大量人民因過勞、飢餓或疾病而死亡。赤柬亦同時大規模地搜捕及迫害知識分子和舊政府官員，這些人被捕後往往被送往全國各地的集中營，該處的赤柬官員會虐待他們，以圖迫使他們承認莫須有的罪名，認罪後他們便被處決。結果在赤柬的三年多統治內，全國約2百萬人死亡，佔當時人口近五分之一，其受害人數之多、手法之殘忍都使這成為人類歷史上另一件人道大災難。很不幸的是，正當赤柬全面開動殺人機器屠殺人民時，國際社會並不清楚柬埔寨境內的慘劇。在1978年，一個左翼的瑞典團體到訪柬埔寨，在赤柬的精心安排下，他們看到的是一張又一張的笑臉，並因此相信在赤柬的統治下柬埔寨正實踐他們憧憬已久的共產主義。訪問結束後，不少團員不特沒有指出赤柬的暴行(當然那是因為他們沒看到)，更表態支持赤柬，這令大屠殺事件在當時沒有被曝光。
有關瑞典訪問團在1978年訪柬的介紹及當事人在30年後對這次訪問的感想 在赤柬統治期間，仇越的波爾布特和赤柬經常派遣士兵襲擊越南，這令剛結束內戰的越南感到煩擾不休，初時越南政府仍擔心中共會隨時攻打北越，故對柬埔寨一直採取容忍的態度。但柬埔寨的突襲一直未有收歛，不勝煩擾的越南最終於1978年底出兵柬埔寨，軍隊直取金邊，羸弱的柬埔寨軍無力抵抗，赤柬及波爾布特撤至柬埔寨北部鄉郊地帶，並聯合其他勢力成立反政府軍。進駐金邊的越南則在該處成立新政府，他們亦揭發S21在內的眾多集中營及行刑場，赤柬的暴行才首次公諸於世。但當時國際輿論大多聚焦在越南入侵柬埔寨這一事件上，國際社會多仍未承認越南政府(如聯合國的柬埔寨席位仍由赤柬代表擔任)，美國及它的一些盟友為了打擊越南政府還實施經濟制裁。外界甚至認為這是越南政府為了合理化他們的軍事行動而捏造的「事件」，直至多年後排山倒海的証據陸續被發表後，人們才理解到這裏發生了一場人道大災難。
從1979年至1984年，由越南扶植的金邊政府與流亡至柬泰邊境的反政府軍曾發生多次衝突，柬埔寨再次陷入分裂的邊緣，雙方且戰且停，情況直至1985年才有所改善。兩個派系在法國的調停下願意展開和談，最終雙方在1991年達成和解協議，並由聯合國舉行大選。1993年，聯合國派出大量人力物力，協助該國舉行大選。儘管大選由拉那烈親王(Norodom Ranariddh，他是西哈努克的第二兒子)為首的黨派勝出，但由越南支持上台的洪森(Hun Sen)及其政黨聲稱選舉出現舞弊而拒絕承認選舉結果，並繼續掌握管治權力，好不易容達成的和平協議又瀕臨破裂，雙方僵持了好一段時間，最終兩大黨派達成共識，由兩派共同執政，拉那烈親王出任首相，洪森則擔任第二首相(他不願被稱呼為副首相)。同時進入內閣的還包括日後成為第一大反對黨領袖的森朗西(Sam Rainsy)，當時他出任財相，以嚴打貪污為主要目標。他雷厲風行的手段自然招來兩大黨派官員的不滿。
森朗西在日後成為反對黨領袖 極欲掌權的洪森一直都不願與別人共享權力，而拉那烈親王一方的勢力也一直在防備洪森，他們兩人可說是同床異夢，大家都在等待時機將對方趕下台。隨著兩人在施政方面的歧見越趨明顯，兩派的鬥爭也日趨白熱化，雙方甚至都組織私人的武裝力量以備不時之需。結果在1997年洪森首先發難，洪森的部隊突然佔領機場及數處拉那烈親王派系的根據地，拉那烈親王事前已出走泰國，雖然他在國際社會多次指責洪森的行為與發動政變無異，但政權其時已全面落入洪森手中，拉那烈親王已失去了柬埔寨的領導權力。掌權後的洪森全面掌控政府運作，他同時又操控1998年的大選，儘管其時他遇到由森朗西領導的新反對黨的挑戰，但是洪森透過種票、控制傳媒、武力恫嚇等手段，使自己在往後的選舉中獲勝，反對黨無法動搖他的統治勢力。直到今天，洪森及其政黨勢力已統治柬埔寨三十年(洪森在1985年上台)，但其政權仍然穩如泰山，現年(2015年)62歲的他更揚言要擔任總統至74歲。
無庸置疑，柬埔寨的經濟在近十多年有著長足的發展，其中金邊、暹粒等旅遊城市更是在旅遊業的帶動下成為最直接的受惠區域，但與其說柬埔寨發展神速，倒不如說它的「起跑線」實在太後了，今天的發展只是將他們拉回比較「正常」的水平。而且今天柬埔寨的發展主要還是集中在商界/政界重視的行業，如伐木、旅遊等「油水」多的行業，人民最多透過trickle down effect來分享經濟發展的成果，柬埔寨整體來說仍是處於極貧窮的水平。
自1993年大選後，柬埔寨每年都從國際社會及不同的非政府機構中獲得數以億計的援助，以2013年數字 為例，國際對柬埔寨的捐款超過10億美元，佔柬埔寨國家開支(30億美元)三分之一。但是大量的捐款似乎無法為大多數人民帶來長足的進步，因為不少捐款都落入以洪森為首的高官手中，他們更透過出售國家土地、批發開發木材牌照等來中飽私囊，上層的貪污風氣更廣泛遍佈於公務員各階層內，這也令柬埔寨在Corruption Perceptions Index中敬陪末座(2014年數據 ，156/175)。
今天的柬埔寨似乎擺脫了戰亂與動盪，經歷過赤柬生活的人大概會感恩於今天柬埔寨的安穩，但同時他們亦付上了貪污與獨裁等代價，這種如鏡花水月般的安穩能維持多久？
[2021年更新] 2021年是巴黎和約簽訂30週年，當年柬埔寨的交戰派系在和約規管下同意停火及參與選舉，結果30年後的今天柬埔寨政府仍然由洪森所及其政商盟友所掌控，半島電視台就此對柬埔寨的最新情況作出報導 。
[2022年更新] 近日中港台不同媒體都有報導關於華人被綁架至柬埔寨進行網絡行騙的案件，當中不少受害者在被擄至當地後便被長期禁錮，並受到恐嚇、虐待、毒打等精神和肉體上的折磨，端傳媒近日刊登了《柬埔寨網絡詐騙：一條賭博、詐騙、綁架的不歸路？》 這篇文章，文內指出柬埔寨近年經濟急速發展，但法律和政治制度未能跟上步伐，同時以洪森為領導的政權強化其威權管治模式，加劇了政商勾結的現像。在這些條件下，熱錢除了流入當地旅遊、賭場、房地產等投資項目外，還不停滲入各種非法行業，不同團體形成了一個龐大的利益集團，在政府的包庇下這些非法業務便在這個紙醉金迷的城市中蔓延。當疫情來襲、同時柬埔寨政府宣佈禁止網絡賭博後(至少官方立場上是如此)，不少合法業務的利益受到嚴重損害，他們只能尋求「轉型」，結果將眼光聚焦到這些原來已有的網絡詐騙上，並且在政府官員、黑幫份子、賭博集團、以及各地的非法組織的合作下，將其犯罪網絡推展至各大華人地區，而受害對象更是遍佈全球。作者在該文中梳理了柬埔寨網絡詐騙的成因，而且因為經濟急速轉差，令很多人或自願或被迫地鋌而走險，加上了這個犯罪集團。作者在文末提到︰
人類的善意和惡意在生存環境改變的情況下竟可以撕裂地如此極端。也許人性的複雜如同黑洞一般無法窺視，當你凝望深淵時，可能就成為深淵的一部分。
但在網絡詐騙不斷擴大範圍的過程中，不是貧窮、落後和追求發展應該受到譴責，也不是道德不完美的個體應該受到譴責，而是發展的結構暴力、普遍的權力濫用和犯罪不受制約應該受到譴責。他們利用這些踐踏人類尊嚴、不斷挑戰人權底線的產業變得腰纏萬貫，越來越多的人因此失去家園、失去生活的尊嚴，甚至是生命。
近期，又有傳聞說網絡詐騙公司正在向非洲轉移，更多貧窮、貪腐嚴重、法制不完善的地方成為了他們轉移的目的地，並招募非洲員工為他們發展國際詐騙業務。網絡詐騙公司正肆無忌憚地將產業滲透到世界的各個角落，逐漸變成一個不分族群、不分國別的國際犯罪集團……
網絡詐騙會走到它的最後一站嗎？
柬埔寨的「繁華」會否走向另一次混沌？
延伸資料︰半島電視台在7月播出一集紀錄片Forced to Scam ，節目內報導了位於菩薩省的經濟特區實則為網絡詐騙園區。還有一些土地通過私人合作的方式開發成園區。
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